UA comienza vigilancia genómica del virus SARS-CoV-2

La vigilancia genómica permite obtener y mantener información actualizada sobre las variantes circulantes apoyando así las decisiones de Salud Pública.

Un equipo de científicos de la Facultad de Ciencias de la Salud de la Universidad de Antofagasta, y que además son parte del Consorcio Genomas CoV2 (CGC), comenzarán a realizar la vigilancia genómica del virus SARS-CoV-2.

Este consorcio se formó a mediados del 2020 para reunir a los centros científicos universitarios del país, que cuentan con capacidad de secuenciación genómica. Más de 20 laboratorios nacionales poseen tecnologías, equipamiento y experiencia en esta área y se pusieron a disposición de las autoridades de gobierno para complementar el trabajo de secuenciación del virus SARS-CoV-2 que hace el Instituto de Salud Pública (ISP).

La Universidad de Antofagasta, será de las primeras instituciones en sumarse a la red de laboratorios de secuenciación, cubriendo la demanda de la macro zona norte del país.

“Contamos con la tecnología de secuenciamiento por nanoporo ampliamente utilizada y validada para la vigilancia genómica. Esta tecnología, también llamada de tercera generación, fue implementada en el Laboratorio de Secuenciación Genómica, gracias a la adjudicación de un Proyecto ANID (código 0625) con el objetivo de generar una herramienta diagnóstico de SARS–CoV-2 y otros virus respiratorios, cuyos resultados están muy avanzados”, explicó la directora del proyecto, Dra. Alexandra Galetovic Carabantes.

Se debe destacar que el equipo de trabajo de la Universidad de Antofagasta también está integrado por los investigadores Jorge Araya, Camila Salazar y Benito Gómez.

Laboratorio

Este avanzado laboratorio, financiado con fondos ANID e institucionales, se ubica en la Unidad de Bioquímica del plantel estatal y cuenta con nivel de Bioseguridad II. De esa forma, puede realizar la extracción de RNA viral y posterior procesamiento para secuenciar el virus SARS-CoV-2.

“Estamos en condiciones de iniciar la vigilancia genómica en un mes y medio con un número de muestras que será escalable en el tiempo, en la medida que se destinen los recursos para aquello. Además, estamos postulando a fondos nacionales para adquirir un equipo con Tecnología de Nanoporo, con mayores ventajas operativas y de análisis bioinformático, que facilitaría el escalamiento del número de secuencias analizadas semanalmente, lo cual, sería un aporte importante en el diagnóstico por metagenómica clínica de diversas enfermedades y otros virus respiratorios, a la búsqueda de biomarcadores y a la vigilancia genómica del virus SARS-CoV-2 en la macro zona norte”, explicó la doctora Galetovic.

Vigilancia

El último informe del ISP indicó que en la Región de Antofagasta se han identificado las variantes B.1.526 (Nueva York); B.1.1.28 (P1, Brasil); y B.1.1.7 (U.K); sin embargo, sólo ocho muestras virales han sido secuenciadas desde enero hasta abril del 2021. La vigilancia genómica es relevante porque permite obtener y mantener información actualizada sobre las variantes circulantes apoyando así las decisiones de Salud Pública (confinamiento, aislamientos, eficacia de las vacunas, entre otras). La importancia también radica en que las nuevas variantes pueden resultar más infectivas o letales, por no ser detectadas por los métodos de diagnósticos habituales o evadir la inmunidad.

“La secuenciación genómica es una metodología más costosa y compleja que un PCR diagnóstico. Consiste en la secuenciación del genoma completo del virus, y requiere adicionalmente de análisis bioinformáticos para detectar nuevas variantes o las ya reportadas. La Universidad de Antofagasta, pone a disposición de la comunidad sus capacidades técnicas y científicas en esta materia debido a su fuerte compromiso y responsabilidad social, pero se necesitan urgentemente los recursos para que la vigilancia genómica se concrete.”, finalizó la científica.

Consorcio

En diciembre de 2020, el Consorcio Genomas CoV2 (CGC) fue invitado por el Ministro de Ciencia, Tecnología, Conocimiento e Innovación a formar parte de un Plan de Vigilancia Genómica que, junto con el Ministerio de Salud, incrementará la secuenciación del virus para conocer la frecuencia de las distintas variantes en la población, así como su prevalencia entre personas con enfermedad grave y entre vacunados y reinfectados.

Este consorcio es coordinado por el académico e investigador de la Universidad de Chile, Dr. Miguel Allende.

Desde el Gobierno, se anunció que se transferirán recursos a las universidades y centros de investigación a lo largo del país para realizar la secuenciación de genomas virales, para de esta manera, aumentar de 150 a 500 secuencias semanales. La modalidad será similar a la implementada cuando se incluyeron a los laboratorios universitarios a la red de diagnóstico viral por PCR.